Helsingin ortodoksisen seurakunnan toimintaa johtaa kirkkoherra. Seurakunta on jaettu hallinnollisesti eri alueisiin ja toimintoihin.
Seurakuntatyön toiminta-alueet läpäisee seurakunnan eri linjat: diakoniatoimi, kasvatustoimi, tukitoiminnot, viestintä, monikulttuurinen työ sekä vapaaehtoistoiminta.
Helsingin ortodoksisen seurakunnan organisaatio (pdf)